Alcon fue una subsidiaria de Novartis hasta abril de 2019, cuando se escindió en una empresa independiente que cotiza en bolsa. La propia Alcon tiene varias filiales, incluida Aerie Pharmaceuticals , centrada en terapias para el glaucoma y otras enfermedades oculares, y WaveLight, que desarrolla y fabrica tecnologías de cirugía ocular con láser.

Alcon fue fundada en 1945 como una pequeña farmacia en Fort Worth, Texas , Estados Unidos. Debe su nombre a sus fundadores, los farmacéuticos Robert Alexander y William Conner, quienes se centraron en productos oftálmicos estériles.

Nestlé de Suiza compró Alcon en 1977.  Alcon amplió su capacidad de fabricación con nuevas plantas en América del Sur y Europa y aumentó drásticamente su inversión en investigación.

En 1979, Alcon adquirió Texas Pharmacal Company, que se convirtió en Dermatological Products of Texas (y ahora es DPT Laboratories). 

En 1984, Alcon fundó el Premio a la Excelencia Técnica para promover los logros en excelencia en I+D y lo ha otorgado a más de 100 ganadores. La línea de productos Alcon se ha expandido desde los productos farmacéuticos hasta el ámbito quirúrgico. Hoy en día, Alcon tiene operaciones en 75 países y sus productos se venden en más de 180 países.

Nestlé realizó una oferta pública inicial del 25% de su participación en Alcon en 2002. La acción se cotiza bajo el símbolo ALC. En julio de 2008, Novartis compró aproximadamente el 25% de la participación de Nestlé en Alcon, con una opción para comprar las acciones restantes de Nestlé a partir de 2010. Novartis compró el 52% de la participación de Nestlé por 28,1 mil millones de dólares. Este acuerdo elevó la propiedad total de Alcon por parte de Novartis al 77%. A partir de enero de 2010, Novartis anunció formalmente que completará las opciones de ejercicio para finalizar la compra del resto de Alcon y luego continuará con la fusión y adquisición de Alcon. 

El 29 de marzo de 2010, Alcon adquirió Durezol y Zyclorin de Sirion Therapeutics. Alcon recibió la aprobación regulatoria para adquirir los derechos de la emulsión Durezol en EE. UU. y los derechos globales, excluyendo América Latina, de Zyclorin de Sirion Therapeutics.

El 28 de junio de 2010, el Comité de Directores Independientes de Alcon anunció que una recomendación del comité era un primer paso indispensable antes de que el directorio de la empresa pudiera decidir sobre la propuesta de fusión de Novartis AG, refutó las implicaciones públicas de Novartis de que podría unilateralmente imponer la fusión independientemente de la posición del Comité de Directores Independientes una vez que Novartis se convirtiera en el accionista mayoritario de Alcon. El 8 de julio de 2010, el comité de directores independientes (IDC) de Alcon había creado un fideicomiso de litigio de 50 millones de dólares para garantizar que los accionistas minoritarios de la empresa obtuvieran el mejor trato del postor Novartis AG. 

El 9 de abril de 2019, Alcon completó una escisión del 100% de Novartis. La nueva empresa independiente vale hasta 28 mil millones de francos suizos.

En noviembre de 2021, Alcon anunció que adquiriría Ivantis y su tecnología de stent para cirugía de glaucoma por al menos 475 millones de dólares. En agosto de 2022, Alcon acordó comprar Aerie Pharmaceuticals por 770 millones de dólares  para mejorar su cartera farmacéutica oftálmica.